Modyfikatory genetyczne choroby płuc w mukowiscydozie ad 5

Częstość występowania i związek genotypów TGF.1 w grupach sklasyfikowanych zgodnie z upośledzeniem płuc (badanie początkowe). W panelu A pacjenci z fenotypem płuc w ciężkim upośledzeniu czynności płuc (ciemnoniebieskie słupki, reprezentujące 263 pacjentów) dwukrotnie częściej byli homozygotyczni pod względem genotypu TT -509 i genotypu CC kodonu 10, podobnie jak pacjenci z łagodnym upośledzenie (średnie niebieskie paski, reprezentujące 299 pacjentów w wieku od 15 do 28 lat i niebieskie paski, reprezentujące 246 pacjentów, którzy ukończyli 29 lat lub więcej). Wartości P, obliczone za pomocą dokładnego testu Fishera, służą do porównania genotypów pacjentów z ciężkim upośledzeniem czynności płuc i pacjentów z łagodnym upośledzeniem. Panel B pokazuje wartości P (-log10) zgodnie z pozycją genomową trzech wariantów TGF.1, które początkowo testowano i 31 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) w regionach flankujących. Pięć dodatkowych genów w regionie z opisanymi funkcjami w bazie danych sekwencji białka Swiss-Prot / TrEMBL przedstawiono w celach referencyjnych. Genotypy wariantów TGF.1 były silnie związane z fenotypem (tabela 2). Powiązanie statystyczne zaobserwowano również w teście permutacji rekonstruowanych częstotliwości haplotypu dla trzech SNP TGF.1 (P = 0,007). W testach bezpośredniego związku allelicznego tylko dwa SNP TGF.1 (-509 i kodon 10) były znaczące (odpowiednio P = 0,009 i P = 0,001). Częstość występowania dwóch genotypów TGF.1 w ciężkich i łagodnych grupach przedstawiono na rycinie 1. Pacjenci z fenotypem ciężkiego upośledzenia czynności płuc dwukrotnie częściej byli homozygotyczni pod względem genotypu TT -509 i genotypu CC kodonu 10.
Tabela 3. Tabela 3. Analiza regresji logistycznej wariantów genetycznych TGF.1 związanych z ciężką chorobą płuc u pacjentów z ciężkim upośledzeniem (N = 260) i łagodnym upośledzeniem (N = 544) (badanie początkowe). Dalsze analizy zostały przeprowadzone przy użyciu regresji logistycznej dla dwóch najbardziej znaczących wariantów TGF.1, z wykorzystaniem trzech modeli genetycznych (recesywny, kodominujący lub dominujący) w celu zbadania wpływu genotypu o podwyższonym ryzyku na szanse posiadania ciężki fenotyp (tabela 3). Modele recesywne i kodominujące były najbardziej znaczące; dla modelu recesywnego iloraz szans dla efektów genotypu wynosił 2,18 i 2,25 dla ogólnej analizy i wahał się od 1,58 do 3,16 dla analiz podgrup według płci. Podobne wyniki uzyskano po dostosowaniu czterech współzmiennych: obecności lub braku cukrzycy, niedrożności smółki przy porodzie, zakażenia P. aeruginosa i astmy (Tabela 2 w Dodatku uzupełniającym).
SNP flankujące TGF.1 i wzorce równowagi sprzężonej
Rozumiemy, że testowanie dodatkowych SNP wokół TGF.1 dalej wyjaśniłoby powiązanie genetyczne i wzorce nierównowagi sprzężeń (Figura w Dodatku Aneks). Łącznie 31 SNPs otaczających TGF.1 zostało genotypowanych; Rysunek pokazuje wartości P dla powiązania genotypów SNP z ciężkością choroby (-log10), pokazaną zgodnie z pozycją genomu. Wariant 10 kodonu TGF.1 zachowywał najsilniejszy dowód powiązania z ciężkością
[przypisy: kardiolog dziecięcy warszawa nfz, dentysta na nfz gdańsk, mikrodermabrazja przeciwskazania ]
[hasła pokrewne: clemastinum syrop, zasłużony honorowy dawca krwi przywileje, rutinoscorbin ulotka ]