Modyfikatory genetyczne choroby płuc w mukowiscydozie cd

Warianty strukturalne MBL2 (zerowe) (B, C i D) połączono w celu skonstruowania genotypu O / O. Inne możliwe geny modyfikujące chorobę płuc i ich SNP (odpowiednio 65 i 135) zostały genotypowane przez Illumina, ale nie zostały zbadane w początkowym badaniu. Co najmniej 798 pacjentów z powodzeniem poddano genotypowaniu w przypadku większości wariantów genetycznych, z wyjątkiem czterech alleli: .1AP-Z (781 pacjentów), dwóch alleli ADR.2 (odpowiednio 741 i 743 pacjentów) i TNF. (743 pacjentów). W przypadku regionów flankujących TGF.1, przetestowaliśmy 31 SNP w Laboratorium Analiz Genomu na Uniwersytecie Północnej Karoliny w Chapel Hill (TaqMan SNP Genotyping Assay autorstwa ABI-7900HT, Applied Biosystems) (Dodatek). Po korekcie wielu testów żaden z SNP w początkowym badaniu nie wykazał istotnego całkowitego odejścia od równowagi Hardy ego-Weinberga.22 W badaniu replikacji określono genotypy 10 kodonu TGF.1 przez sekwencjonowanie (w University of North Carolina i Case Western Reserve University ) oraz przez specyficzne dla allelu testy oligonukleotydowe (w Szpitalu dla chorych dzieci) (dodatek uzupełniający). Analiza statystyczna
Na potrzeby wstępnego badania, związek polimorfizmów i fenotypu pod kątem ciężkości upośledzenia czynności płuc oceniano za pomocą dokładnych testów Fishera dotyczących genotypu i częstotliwości alleli. Wszystkie testy były dwustronne, z poziomem alfa 0,05 uważanym za wskazującym na istotność statystyczną. Wykreślono nieskorygowane wartości P, natomiast korekty wielokrotnego porównania przeprowadzono dla 16 polimorfizmów, przeliczając testy dla 10 000 losowych permutacji o stopniu ciężkości upośledzenia. Skorygowana wartość P opierała się na rozkład permutacji najmniejszej wartości P wśród 16.
W przypadku polimorfizmów TGF.1, oszacowane rekonstrukcje haplotypów23 porównano ze statystyką nasilenia, aby obliczyć statystykę standardowych tablic kontyngentowych (chi-kwadrat). Wartości P dla tych haplotypów oceniano za pomocą 10 000 losowych permutacji o statusie ciężkości. Regresja logistyczna została wykorzystana do oszacowania wpływu genotypów TGF.1 na prawdopodobieństwo wystąpienia fenotypu pacjenta w przypadku ciężkiego upośledzenia w trzech modelach genetycznych (recesywny, kodominujący i dominujący). Dodatkowe wieloczynnikowe analizy logistyczno-regresyjne obejmowały współzmienne obecności lub braku cukrzycy, zakażenia dróg oddechowych Pseudomonas aeruginosa, niedrożności smółki i diagnozy lekarza astmy. [24] Analizy nierównowagi powiązań między polimorfizmami TGF.1 i 31 flankującymi SNP analizowano przy użyciu Szacowanie EM częstotliwości haplotypów zaimplementowane w programie LDMAX w pakiecie oprogramowania GOLD.25,26
Do badania replikacji wykorzystaliśmy wyniki z początkowego badania w celu ukierunkowania projektu i ustalenia podstawowych i drugorzędnych metod analitycznych (dodatek uzupełniający). Analiza wstępnych danych z badań sugeruje, że zastosowanie dychotomicznego fenotypu i modelu recesywnego dla zwiększonego ryzyka ciężkości upośledzenia związanego z kodonem allelu 10 C zapewniłoby największą moc. Główna analiza badania replikacji została przeprowadzona przy pomocy dokładnego testu Fishera dotyczącego związku genotypu 10 CC TGF.1 ze statusem FEV1 poniżej lub powyżej zdefiniowanego progu (FEV1 na poziomie 68 procent przewidywanej wartości, oszacowanej dla wieku 20 lat) , z wykorzystaniem modelu mieszanej regresji liniowej (dodatek uzupełniający)
[hasła pokrewne: przywileje honorowego dawcy krwi, kuba staszkiewicz, tarczyca u mężczyzn ]
[hasła pokrewne: jar kielnarowa, piperyna forte cena, kuba staszkiewicz ]